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工程预算审计方法还有很多各有各的优缺点 ，要提高审计效率，关键是要会选择。政府投资项目范围广泛 ，各项目的建设难度、标准也不一致。另外，政府工程经常受到人为因素和自然条件的影响，往往建设时间长，存在较多的设计变更和现场签证 ，有的项目在审计时已经发生变化 ，甚至无法进行现场取证。这些因素决定了工程预算审计具有多样性、复杂性和风险性。因此，选择审计方法时，既要考虑不同的审计阶段和审计内容，还要结合审计目标，注意审计方法之间的交叉使用和外部审计条件的许可，做到有的放矢、科学使用。

施工单位施工过程中对技术资料的未能完整归档或有意不建档，造成建设单位在工程竣工后无法建立完整的工程资料档案并按要求报送工程结算所需资料，从而使审计工作周期拉长、风险加大。这个问题也的确存在。不过，按照一般的情况，审计周期是按提供完整的资料开始计算的。除非你自己的要求没有到位，那也怨不得别人。什么叫风险加大？是你审计费用不够用了吧？既然做了审计这个行业，就要有这个思想准备，否则人家建设单位为什么出钱给你啊！建设单位缺乏工程技术专管人员和工程技术专业知识或工程技术人员职业道德水准不高，造成工程项目施工中不合规的变更签证增多，从而使得工程预算随意增大。

工程预算对于参与施工的人员雇佣费用和机械电力成本费用也不能粗略的计算，根据整体的工程量进行相应的酬劳结算，对于各种工程费用支出必须先经过预算，再通过申报， 才能支出，这样可以避免某些人员利用工程款牟利的行为。工程审计在工程整体建设过程中起到了重要的作用，它不仅可以保障整个工程在合理的工期内率的完工，也可以尽可能的减少工程成本的浪费，对于整个建筑行业乃至国民经济都有十分良好的促进作用。随着大数据时代的发展，以后的建筑必定会被把握的更加严谨，工程整体造价也一定会工程审计的日趋完善而变得越来越贴近实际，随着我国对于工程审计的重视程度不断增加，审计工作在工程预算方面的控制作用必将越来越明显。

积极采用招投标的方法选择设计单位，在合同中明确要求设计人员对投资问题的重视，比如，在合同中可以规定，如果大理工程预算设计变更费用超出施工合同价的5%，就要扣除一定比例的设计费用。优化设计方案，控制工程造价。为了控制工程造价，设计人员要多拿出几套设计方案由造价人员分析，造价人员要对其中涉及的影响因素从经济角度进行深入分析，以实现投资小化。比如某市政排水管线工程，原拟定新建691m长的D1800管道，其中30m需要进行顶管施工。后来，经过实际勘察，决定改变原有的设计方案，将D1800管道的长度缩减为558m，且不需要顶管施工，终节省工程费用近100万元[。改变收费方法。在收取设计费用方面，要积极引入限额按比例提成的方法，促使设计单位与建设单位一同成本控制意识，进而实现成本控制目标。在施工阶段，对工程造价产生影响的因素会比较少，但是大理工程预算由于该阶段是工程实体形成的关键阶段，如果控制不好，也会使得造价难以得到控制施工现场管理混乱。业主方缺乏一套系统完整的管理体系，各部门之间、各人员之间职责不清，协调不力。施工方造价文件保管不清、不全，在竣工结算时出现种种矛盾，使得工程造价失控。