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工程预算审计方法还有很多各有各的优缺点 ，要提高审计效率，关键是要会选择。政府投资项目范围广泛 ，各项目的建设难度、标准也不一致。另外，政府工程经常受到人为因素和自然条件的影响，往往建设时间长，存在较多的设计变更和现场签证 ，有的项目在审计时已经发生变化 ，甚至无法进行现场取证。这些因素决定了工程预算审计具有多样性、复杂性和风险性。因此，选择审计方法时，既要考虑不同的审计阶段和审计内容，还要结合审计目标，注意审计方法之间的交叉使用和外部审计条件的许可，做到有的放矢、科学使用。
承包工程合同签定不规范，工程结算计价难以确定。工程预算在审计过程中发现，建设、施工双方承包工程合同签订不规范。在签订合同时不按投标文件的内容逐一填写，尤其是建筑规模和中标价，存在少填或者不填的现象，给工程计价取费留下活口，目的是为了竣工后高报工程结算价格打下伏笔，使得原本十分严肃的合同失去约束作用，建设单位失去了对施工单位工程报价的有效监督，容易造成决算价格偏高。同时，给工程结算造价审核带来难度和风险。
工程结算审核主要对结算书编制合规性审核，并对照设计图纸、工程招标文件、投标文件与工程合同、预算及已批准的设计变更、洽商索赔等进行复核，检查是否有重复报项和甲供材料款少扣、漏扣等现象，确定结算内容的真实性。工程预算为保证工程竣工终通过政府审计，作为全过程造价咨询单位首先要为业主把好结算审核关。根据我公司长期对政府项目的工程审计经验，确定本项目工程竣工结算审核重点如下：审核施工合同中确定的建设标准、建设内容、合同价格是否与投标书承诺内容一致，是否控制在批准的初步设计及概算文件规定范围内。
工程预算对于参与施工的人员雇佣费用和机械电力成本费用也不能粗略的计算，根据整体的工程量进行相应的酬劳结算，对于各种工程费用支出必须先经过预算，再通过申报， 才能支出，这样可以避免某些人员利用工程款牟利的行为。工程审计在工程整体建设过程中起到了重要的作用，它不仅可以保障整个工程在合理的工期内率的完工，也可以尽可能的减少工程成本的浪费，对于整个建筑行业乃至国民经济都有十分良好的促进作用。随着大数据时代的发展，以后的建筑必定会被把握的更加严谨，工程整体造价也一定会工程审计的日趋完善而变得越来越贴近实际，随着我国对于工程审计的重视程度不断增加，审计工作在工程预算方面的控制作用必将越来越明显。
