工程预算如果是预算结算承包，审计的重点是核查乙方提出的设计变更资料是不是通过了原来设计部门的同意或是经过了甲方的签证，这里的重大设计变更有没有计划或者是主管部门的审批手续，变更工程量的计算是不是真实，套用定额与单价是不是合适且准确，设计变更的增减是不是同步，有没有巧立名目、自行定价、搭车收费的现象。预算加系数或是平方米等价已经承包，审计的重点原则上已经把预算的变动，加价系数等算在内，因此不应该再零星项目变动经济洽谈。如果是招标承包，审计的重点是结算应该按中标合同的标价执行，当然遇到特殊复杂工程可以调价，也要有补充的合同，否则就不应该在 的结算关头再另行加价。
工程预算符合设计规范要求的工程设计是有效的、经济的工程设计。审计人员要充分利用前期已完成的，符合设计规范要求的设计案例，将各类工程的经济数据指标，与新项目的设计方案工程概算进行对比。以经济扛杆的作用方式，调动设计人员的积极性，尽量多计算、多画图，充分运用自己的知识和经验，降低工程造价，设计出符合规范要求的工程设计。
工程预算编制过程中应用价值工程理论的特点如下：
（1）建筑产品的多样性特点决定了工程项目应用价值理论具有普遍性。
（2）建筑生产的单件性特点决定了工程项目应用价值工程理论具有一次性。
（3）建筑产品的投资巨大、价值高昂的特点，决定了工程项目应用价值工程理论具有节约的潜力大，应用效率高等特点。
（4）建筑产品的使用寿命长的特点，决定了在工程项目中应用价值工程理论应注重测算全寿命周期费用的特点。
（5）建筑产品具有的建设周期长和劳动密集的特点，决定了在工程项目中应用价值工程理论不仅要注意提高产品的质量和功能
工程预算审计主要是根据 有关法规和政策，依据 建设行政主管部门颁发的工程定额工料消耗标准、取费标准以及人工、材料、机械台班价格参数、设计图纸和工程实物量，工程预算的确认和控制进行有效的监督检查。在工程项目实施阶段，以承包合同为基础，在竣工验收后结合施工变更、工程签证的情况，作出符合施工实际的竣工造价审查结果，它是承发包双方结算的依据，也是工程决算的基础资料和依据。