工程预算审计主要是根据 有关法规和政策，依据 建设行政主管部门颁发的工程定额工料消耗标准、取费标准以及人工、材料、机械台班价格参数、设计图纸和工程实物量，工程预算的确认和控制进行有效的监督检查。在工程项目实施阶段，以承包合同为基础，在竣工验收后结合施工变更、工程签证的情况，作出符合施工实际的竣工造价审查结果，它是承发包双方结算的依据，也是工程决算的基础资料和依据。
工程预算它是指审计人员在审计过各中会同被审计单位有关人员与施工单位有关人员及现场监理人员到建筑现场，对有疑点的隐蔽工程进行挖开核实工程做法与工程量、价款的方法。抽样测定法较为直接，容易验证出问题的真假，但是审计风险较大，所以一般在确有问题时方可实行抽样定点的方式。例如：某年审计某项工程时，审计人员通过了解得知，该项目管道回填施工时未按设计要求进行筛土回填，且未做警示标志。经现场抽样开挖发现有两个标段的部分施工班组未按设计要求施工。
工程预算政府投资项目结算中的高估冒算还比较普遍， “三超”现象严重 ，通过重点抽查审计，可以发现并纠正大量违法乱纪行为，从总体上有效遏制超计划投资，节约大量的政府财政资金。这种方法的优点是审计时间短、风险小、效果好，适合对标底、专项预算和工程量清单的审计。例如，在某工程预算进行审计时，发现程项目很多，投资较大 ，如要对每个项目都进行审计，将要耗费大量的时间和精力。针对这一情况 ，审计人员在制定审计实施方案时 ，决定采用重点抽查法进行本次工程预算审计。经排查 ，发现天花进口矿棉板报价80 元/ m2，这个价格比市场上同类产品高出许多。
工程预算审计以基建项目为标，包括资金来源、基建计划、前期工程、征用土地、勘察设计、施工实施的一切财务收支；工程预算审核以单位工种为标的，只对单位工程预算的合理负责。
审计与工程预算审核是两个截然不同的专业学科，审计以会计师、审计师为主；而工程预算审核以工程经济和工程技术人员为主。目前 正在实行注册造价工程师制度，今后的工程预算审核，将以造价工程师为主。
