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施工单位施工过程中对技术资料的未能完整归档或有意不建档，造成建设单位在工程竣工后无法建立完整的工程资料档案并按要求报送工程结算所需资料，从而使审计工作周期拉长、风险加大。这个问题也的确存在。不过，按照一般的情况，审计周期是按提供完整的资料开始计算的。除非你自己的要求没有到位，那也怨不得别人。什么叫风险加大？是你审计费用不够用了吧？既然做了审计这个行业，就要有这个思想准备，否则人家建设单位为什么出钱给你啊！建设单位缺乏工程技术专管人员和工程技术专业知识或工程技术人员职业道德水准不高，造成工程项目施工中不合规的变更签证增多，从而使得工程预算随意增大。
时效性是建筑工程预算的基础特性，由于事前预算和事中预算弱化，各项预算工作无法及时落实，预算结果欠缺准确性，容易在合同签订、招投标等环节集中爆发风险。预算法规体系是与预算有关的各项法律、条例、细则的整合，作为预算的基本依据，预算法规体系的完整度影响预算效率和质量。预算在工程预算中忽视预算法规的制定和调整，导致预算法规体系不完整，对预算对象的辨别无据可依，预算资源配置不合理，预算人员无法顺利开展工作。香港工程预算目前对建筑工程预算的理论和实践尚未成熟，还未建立起针对建筑行业的一整套预算法规体系，预算思路落后，部分预算手段陈旧，不符合现行预算要求，在面对复杂问题时无法有效地分析和解决。要杜绝预算过程中预算人员徇私枉法、滥用职权等情况，需要健全的预算法规体系。然而我国建筑工程预算尚未具备完善的规则体系，削弱了预算报告的权威性。预算信息化建设是新时期预算工作发展的根本要求，要缓解预算人力不足矛盾，提高预算质量，就必须预算信息化水平。我国建筑工程预算仍停留在手工预算阶段，电算化预算进展缓慢，硬件配置滞后，没有确立电子数据预算查询、分析、取证和保密制度，在预算资源共享上还没有制定统一的标准。
工程预算材料价格要适应市场发展的要求，应从以下几个方面着手调整：
(1)工程预算综合系数调整。即目前地区价差系数调整，一般适宜于工程概算造价，快速简明，系数应以月或旬为一发布期。
(2)工程预算有限度调整。即对主要材料进行按实调整，建筑装饰装修工程；2：幕墙工程）幕墙工程其幕墙总面积200m2以上均应进行三性试验（空气渗透性、雨水渗漏性、风压变形性）文件材料内容包括：①工程质量控制资料-----验收记录；②工程质量控制资料---施工技术管理资料；③工程质量控制资料---产品质量证明文件；④工程质量控制资料---检验报告；大理石、花岗岩等室内装饰材料必须提供建筑材料放射性指标检验报告。⑤工程质量控制资料----施工记录；⑥工程和功能检验资料及主要功能抽查记录；⑦分项工程质量验收记录；
严防利用分包工程项目之间交叉施工内容，多家分头重复计算工程预算和虚增变更签证。一个总承包工程，往往由多家分包单位施工，有些分包单位利用两个或几个单位交叉施工，或利用分包工程结算项目较多，结算力量薄弱，不清楚现场施工情况，对现场变更签证辨别力差等原因，分头多计工程量和现场变更签证，造成工程量计算重复叠加，骗取额外工程价款。分包工程材料费的审计。对分包工程材料费的审计，重点是对分包工程材料的使用情况和费用计算进行审计。掌握分包工程材料使用情况。将分包单位领用的甲供材料数量与预算分析用量及施工图纸设计量进行分析对比，严防甲供材料的超领和浪费，只有杜绝建筑材料的浪费，才能确保总承包方的经济效益。
