工程预算审计方法还有很多各有各的优缺点 ，要提高审计效率，关键是要会选择。政府投资项目范围广泛 ，各项目的建设难度、标准也不一致。另外，政府工程经常受到人为因素和自然条件的影响，往往建设时间长，存在较多的设计变更和现场签证 ，有的项目在审计时已经发生变化 ，甚至无法进行现场取证。这些因素决定了工程预算审计具有多样性、复杂性和风险性。因此，选择审计方法时，既要考虑不同的审计阶段和审计内容，还要结合审计目标，注意审计方法之间的交叉使用和外部审计条件的许可，做到有的放矢、科学使用。
工程预算建议的成本控制方法：
1、工程项目成本控制是以项目为中心，分层管理，分级核算的承包和核算体系。工程成本主要由人工费、材料费、机械费、其他费用组成，将四费落实到经营劳资、材料、机械各部门，进行责任考核，并与质量、、工期指标挂钩，建立激励约束机制。
2、作好成本核算，工程开工前，按照施工图作好成本预算，分析出人工、材料、机械的含量，并与中标预算作好对比。制定人才机的成本目标，若人工费为清包，可一次包死，不在调整，此项支出为固定值。材料费节省的前提必须实行材料招投标，实行质优价廉，以投标材料价为限额，特殊材料高于投标价的可平衡于其他低价材料。实行有目的的控制成本。
工程预算编制过程中使用定额应注意的问题：
1、定额未计价材料
计算式如下：未计价主材单位价值=带括号的定额含量*主材预算价格定额未列含量的主材；
定额未编列的主材定额含量=设计用量*（1施工损耗率）主材价值=定额未编列的主材定额含量*主材预算价格；
2、脚手架搭拆费
脚手架搭拆费按人工费的5%计算，其中人工工资费占25%；
脚手架搭拆费=工程人工费*5%;其中人工工资=脚手架搭拆费*25%。
工程预算设计部门应当加强以下几个方面的工作：
1）工程预算项目的设计单要严把质量关，保证所提交的工程设计具有较高的质量；
2）应当明确职责并与奖金挂钩，发挥绩效的积极作用；
3）应当有计划有目标地培养技术骨干，通过请专家来对企业员工进行培训、单位工程竣工验收程序：工程竣工验收由建设单位组织勘察、工程预算编制、施工、监理等单位和其他有关方面的专家进行工程验收。（1）单位工程完工后，施工单位自行组织检查评定，并向建设单位提出交工验收投告。（2）建设单位收到工程验收报告后，应由建设单位（项目）负责人组织施工（合分包单位）、工程预算编制、监理等单位（项目）负责人进行单位（子单位）工程验收。