分包工程竣工结算审计是分包工程全过程跟踪审计的第三步，是对分包工程预算的终确定。分包工程预算的合理性和准确性，直接体现着分包工程的审计质量和审计成果严格复核结算工程量。对结算工程量要严格审查和准确计算，将工程量的计算及变更签证的确认作为审计重点，注意工程量的重复和多计，增强对虚假变更签证的辨别力。工程量的确定要依据施工图和业主或建设单位签发的公务通知单、设计部门的设计变更单。尤其对现场变更工程量的确认，严防只计增不计减，要把握住“在一般情况下，有增必有减”的原则，如果有增无减，就要查明原因。对野外偏僻的施工签证，要有现场各级人员的签认，否决“一言堂”签证。
焦作工程预算阶段的造价控制主要集中在工程结算审查上，是对各控制阶段进行总结，是焦作工程预算控制的 一道关闸，它将决定建设项目的终投资额。预算员认为应采用审查法。审查工程量时应把握以下3点。 ，分清限制范围。 ，如果回填土综合基价中已综合了5m以内的取土运距，取土距离超过5m才可计算回填土回运，人工挖土抛土距离超过1.5m才可计算运土方费用，如建筑屋层高大于3.6m时，顶棚可计取满堂脚手架费用，现浇钢筋混凝土构件方可计取支模超高增加费。第二，工程量是否存在误差，分为正误差和负误差。正误差常表现在屋面架空隔热板未扣天沟，圈梁与构造柱重叠处不予扣除，墙体中的圈梁、过梁所占体积未扣；地下室及飘窗处圈梁代过梁与圈梁重复计算等；负误差表现在六层楼梯处未计算天棚满堂架等。因此对工程量进行审核时重要的是要熟悉工程量的计算规则。套用定额及单价的审核应注意以下几个方面定额套用是否合适。焦作工程预算定额具有科学性、权威性、法令性，必须严格执行，不能随意提高和降低。直接的子目审核首先采用项目名称和内容与设计图纸标准是否一致，如构件名称、断面形式、强度等级（砼标号、水泥砂浆比例）等。同时，要注意一些特殊的规定：檐高4.5m以下的挑檐板要套用相应平板子目；挑出墙面长度1.5m以上的现浇梁、板式阳台，执行有梁板子目；雨篷上带有钢筋砼立板时，立板部分另列项目计算，执行挑檐子目。
工程预算计量原则
（1）不符合合同文件要求的工程，不得计量；
（2）按合同文件所规定的方法、范围、内容、单位计量；
（3）按监理工程师同意的计量方法计量。
工程预算计量时监理工程师审查的主要附件：
（1）《中间计量表》
（2）《分项工程开工申请批复单》
（3）《检验申请批复单》及有关自检材料
（4）工程质量检验表及|考试|大|一级建造师|有关的质量评定意见
竣工验收资料（由建设单位按单位工程立卷）文件材料（1）工程质量验收申请；（2）单位（子单位）工程质量控制资料核查记录；（3）单位（子单位）工程和功能检验资料核查及主要功能抽查记录；（4）单位（子单位）工程观感质量检查记录；（5）工程质量评估报告；（6）勘察文件质量检查报告；
承包工程合同签定不规范，工程结算计价难以确定。工程预算在审计过程中发现，建设、施工双方承包工程合同签订不规范。在签订合同时不按投标文件的内容逐一填写，尤其是建筑规模和中标价，存在少填或者不填的现象，给工程计价取费留下活口，目的是为了竣工后高报工程结算价格打下伏笔，使得原本十分严肃的合同失去约束作用，建设单位失去了对施工单位工程报价的有效监督，容易造成决算价格偏高。同时，给工程结算造价审核带来难度和风险。