对分包工程合同履行过程的事中审计监督是分包工程全过程跟踪审计的第二步。审计的重点是分包工程量计量、施工现场变更、材料使用等审计要素工程量计量的准确性，现场签证的真实性。工程量的大小决定着分包工程的终造价，是确定分包工程预算的根本。工程量的准确性，将直接决定着分包工程的审计质量。事中审计监督就是要突出对分包工程实施过程的审计，强调变更签证工作量的现场审计。内审人员要按施工阶段定期或不定期地深入施工现场，对实际发生的工程量，进行现场丈量和取证核实，落实变更签证确认程序和内容的合理性，是否存在违规签证，虚增工程量，提高分包工程量的真实性和准确性。
严防利用分包工程项目之间交叉施工内容，多家分头重复计算工程预算和虚增变更签证。一个总承包工程，往往由多家分包单位施工，有些分包单位利用两个或几个单位交叉施工，或利用分包工程结算项目较多，结算力量薄弱，不清楚现场施工情况，对现场变更签证辨别力差等原因，分头多计工程量和现场变更签证，造成工程量计算重复叠加，骗取额外工程价款。分包工程材料费的审计。对分包工程材料费的审计，重点是对分包工程材料的使用情况和费用计算进行审计。掌握分包工程材料使用情况。将分包单位领用的甲供材料数量与预算分析用量及施工图纸设计量进行分析对比，严防甲供材料的超领和浪费，只有杜绝建筑材料的浪费，才能确保总承包方的经济效益。
工程预算建筑规模有时也会不一样。比如规划许可证是10000平米，但是招标文件上是10500平米，中标了和你怎么填？填10500平米，那么就会合规划许可证发生冲突，到时候也会领不了。因此如何判定是有意为之要具体分析。审计部门可能会对造价指标进行比较。如多层框架结构（不带地下室）每平米为多少元。可有的时候，招标单位的建筑面积是按照测绘部门提供的数据，而预算的建筑面积的计算方法有的不能和其接轨，难免会产生误差。那么，由此认为就提高了工程预算也是不妥的。
工程预算如果是预算结算承包，审计的重点是核查乙方提出的设计变更资料是不是通过了原来设计部门的同意或是经过了甲方的签证，这里的重大设计变更有没有计划或者是主管部门的审批手续，变更工程量的计算是不是真实，套用定额与单价是不是合适且准确，设计变更的增减是不是同步，有没有巧立名目、自行定价、搭车收费的现象。预算加系数或是平方米等价已经承包，审计的重点原则上已经把预算的变动，加价系数等算在内，因此不应该再零星项目变动经济洽谈。如果是招标承包，审计的重点是结算应该按中标合同的标价执行，当然遇到特殊复杂工程可以调价，也要有补充的合同，否则就不应该在 的结算关头再另行加价。