工程预算由于间接费、利润、税金等各项费用，是按照工程的专业（土建、安装、装饰、市政、人防、园林等）和工程类别（即按照施工难易程度分一、二、三、四类）分别规定了取费标准，审查时应该注意以下几个问题：审查取费标准是否与所用定额相匹配。在编制决算时，主体工程选用某专业定额，则取费标准必须选用与该专业配套使用的标准审查取费标准是否与工程类别相吻合。首先，根据工程规模及工程类别划分标准表，确定工程类别；然后，审查是否按确定的工程类别计取费用。如土建工程与安装工程的工程类别应分别按各自的工程类别划分标准表确定。
承包工程合同签定不规范，工程结算计价难以确定。工程预算在审计过程中发现，建设、施工双方承包工程合同签订不规范。在签订合同时不按投标文件的内容逐一填写，尤其是建筑规模和中标价，存在少填或者不填的现象，给工程计价取费留下活口，目的是为了竣工后高报工程结算价格打下伏笔，使得原本十分严肃的合同失去约束作用，建设单位失去了对施工单位工程报价的有效监督，容易造成决算价格偏高。同时，给工程结算造价审核带来难度和风险。
对分包工程合同履行过程的事中审计监督是分包工程全过程跟踪审计的第二步。审计的重点是分包工程量计量、施工现场变更、材料使用等审计要素工程量计量的准确性，现场签证的真实性。工程量的大小决定着分包工程的终造价，是确定分包工程预算的根本。工程量的准确性，将直接决定着分包工程的审计质量。事中审计监督就是要突出对分包工程实施过程的审计，强调变更签证工作量的现场审计。内审人员要按施工阶段定期或不定期地深入施工现场，对实际发生的工程量，进行现场丈量和取证核实，落实变更签证确认程序和内容的合理性，是否存在违规签证，虚增工程量，提高分包工程量的真实性和准确性。
这种方法的优点是：审核后的肇庆工程预算准确度较高；缺点是：工作量大，实质是重复劳动。在投资规模较大。审核进度要求较紧的情况下，这种方法是不可取的，但建设单位为严格控制工程造价，仍常常采用这种方法。这种方法类同于审核法，其与审核法之区别仅是审核范围不同而已。该方法有侧重的，有选择的根据施工图计算部分价值较高或占投资比例较大的分项工程量。如砖石结构（基础、墙体）、钢筋混凝土结构（梁、板、柱）、木结构（门窗）、钢结构（屋架、檀条、支撑）等；而对其他价值较低或占投资比例较小的分项目工程，如普通装饰项目、零星项目（雨蓬、散水、坡道、明沟、水池、垃圾箱）等，审核者往往有意忽略不计，重点核实与上述工程量相对应的定额单价，尤其重点审核定额子自档次易混淆的单价（如构件断面、单体体积），其次是混凝土标号、砌筑、抹灰砂浆的标号核算。这种方法在审核进度较紧张的情况下，常常适用于建设单位审核施工单位的预算或施工单位审核设计单位的预算。这种方法与审核法比较，工作量相对减少，而取得的效果却不是很差，但仍属重复劳动由于上述两种方法类似编制肇庆工程预算，工作量大，审核周期长，预算人员在长期的工作中摸索出另一种方法，即分析对比审核法。该方法是在总结分析预结算资料的基础上，找出同类工程造价及工料消耗的规律性。结构形式不同、地区不同的工程造价、工料消耗指标。然后，根据这些指标对审核对象进行分折对比，从中找出不符合投资规律的分部分项工程，针对这些子目进行重点审核，分析其差异较大的原因。
